Mnoho menších firem podceňuje pravidelnost při vedení účetnictví. Pokud podnikatel nezaznamenává příjmy a výdaje průběžně, vznikají nesrovnalosti, které zpětně velmi těžko dohledá. Důsledkem může být špatné vykázání DPH nebo zbytečně vysoký daňový základ. Často se také stává, že si podnikatelé nepohlídají termíny a odevzdávají kontrolní hlášení nebo přiznání k DPH po splatnosti. Tyto prohřešky finanční úřad nekompromisně pokutuje.

Zásadní chybou bývá také směšování osobních a firemních financí. Placení soukromých výdajů z firemního účtu bez řádného zaúčtování je časté, ale rizikové. Může vést k doměření daně nebo k neuznatelným nákladům. Stejně problematické je, když podnikatel nedokládá nákupy dokladem, nebo si nechá vystavit účtenku na špatný subjekt. V případě kontroly pak tyto výdaje neobstojí.

Častým opomenutím je také nevyužívání daňových výhod, jako je například sleva na dani za zaměstnance se zdravotním postižením, zvýhodnění na děti nebo daňová optimalizace skrze benefity. Podnikatelé často nevědí, že i příspěvek na stravování, penzijní připojištění nebo rekreaci může být daňově výhodný. V konečném důsledku pak platí zbytečně vysoké daně.